ไฝ (อรุณ ภาวิไล) กับ เทือง (อำพล รัตนวงษ์) เป็นเพื่อนกัน ทั้งสองชอบชวนกันไปขโมยเงินจากศพมาใช้ ครั้งนี้ เทืองไปเสียพนันไว้ จึงชวนกันไปหาเก็บเหรียญในปากศพอีกวันจนได้ไปเจอศพคนจีน (ถั่วแระ เชิญยิ้ม) ซึ่งมีเงินทองมากมาย และ ไอ้ไฝก็ได้สร้อยหยกมาเส้นหนึ่ง แต่ด้วยความซุ่มซ่ามของไอ้เทืองหัวไปกระแทกกับขอบโลง ทำให้เลือดใหลไปโดนศพผีถั่วแระ จึงทำให้ผีถั่วแระฟื้นคืนชีพ และไล่ฆ่าทั้งสองจนไอ้เทืองตาย แต่ไอ้ไฝหนีรอดไปได้

ในงานแข่งเรือประจำปีของหมู่บ้าน ไฝกำลังสนุกกับการเชียร์ ผีถั่วแระแฝงตัวเข้าไปในงานไล่ตามฆ่าไฝ หมอเฒ่า (ไพโรจน์ ใจสิงห์) อยู่ในเหตุการณ์จึงปราบโดยสะกดวิญญาณของผีถั่วแระด้วยมีดลงอาคม และแยกหัวกับร่างไว้คนละที่ โดยนำหัวใส่ไว้ในโถโบราณและปิดผนึกอย่างดี ส่วนร่างเก็บป่าช้าตามเดิม ในขณะที่ไฝกลัวผีถั่วแระจะตามฆ่าจึงฝากตัวเป็นศิษย์ตัวของอาจารย์เฒ่า และได้ตุ่ม (เสาวลักษณ์ ศรีอรัญญ์) ลูกสาวของอาจารย์เฒ่าเป็นภรรยา

25 ปีต่อมา เมฆ (ทศพล รถกิจ) ลูกชายของไฝ มีนิสัยเป็นคนชอบช่วยเหลือคนโดยเฉพาะป๋อง (ธเนศ ฉิมท้วม) เพื่อนสนิทของ เมฆ ที่มักมีเรื่องให้เมฆต้องช่วยอยู่เสมอ จนกระทั่งวันหนึ่งได้เจอผกา (ชลธิชา บุญเรืองขาว) กับเพื่อนชื่อ เง็ก (อุบลวรรณ บุญรอด) ผู้หญิงที่ทั้งสองแอบชอบอยู่ถูกคนร้ายกระชากกระเป๋า จึงเข้าไปช่วย สร้างความไม่พอใจให้ สาธิต (เจจินตัย อันติมานนท์) คู่หมั้นของ ผกาเป็นอย่างมาก

ส่วนป๋องนั้นแอบหลงรักเง็ก แต่เง็กไม่เล่นด้วย แถมโดยไล่ตะเพิดด้วยทุกครั้งที่เห็นหน้า จนป๋องทนไม่ไหวได้ขอร้องให้เมฆช่วนเรื่องเง็ก เมฆทนคำขอร้องไม่ไหวจึงยอมช่วย โดยเมฆได้ไปขโมย ตำราปราบผีของพ่อ (ไฝ) เพื่อที่จะมาทำพิธีกลั่นไอเสน่ห์ โดยที่ทั้งสองไปทำพิธีในป่าช้าฝังศพผีถั่วแระ และได้ทำให้ผีถั่วแระฟื้นคืนชีพขึ้นมาเพราะป๋องได้ไปดึงมีดที่สะกดวิญญาณของผีถั่วแระออก แต่ทั้งสองนั้นไม่รู้

เมื่อผีถั่วแระฟื้นคืนชีพก็จับหนูดูดเลือดเพื่อเพิ่มพลัง และเริ่มติดตามหาหัวของตนเอง และสร้อยหยก เรื่องราวจะเป็นอย่างไรติดตามได้ใน ผีหัวขาด 2