ยางามิ ไลท์ (ทัตซึยะ ฟูจิวาระ) นักเรียนอัจฉริยะเจ้าของคะแนนสอบอันดับ 1 ของประเทศ ได้เจอสมุดโน้ตเล่มหนึ่งในคืนฝนตก สมุดเล่มนั้นมีวิธีใช้เป็นภาษาอังกฤษเขียนเอาไว้ว่า เดธโน้ต คือ บันทึกของยมทูต และเมื่อ ลุค ยมทูตผู้เป็นเจ้าของ ได้ทำมันตกลงมาบนโลกมนุษย์ ทำให้มันกลายเป็นสมบัติของมนุษย์ผู้เก็บมันได้ วิธีใช้เดธโน้ต คือเขียนชื่อและนามสกุลของคนที่ต้องการฆ่าลงในเดธโน้ต โดยผู้เขียนจะต้องรู้จักหน้าตาของคนๆ นั้น เดธโน้ตถึงจะส่งผลให้คนผู้นั้นตายภายใน 40 วินาที ซึ่งถ้าไม่ระบุสาเหตุการตาย คนๆ นั้นจะตายด้วยอาการหัวใจวาย

หลังจากที่ไลท์เก็บเดธโน้ตได้ เขาก็ใช้มันฆ่าอาชญากรทีละคนจากข้อมูลที่เขาเก็บไว้ และสร้างรูปแบบของคดีฆาตกรรมคิระขึ้น เพื่อปั่นหัวกรมตำรวจ จากความซับซ้อนของคดีคิระ องค์กรตำรวจลับของโลก ได้ส่ง แอล (เคนอิจิ มัตสึยามะ) มาคลี่คลายคดี เพราะเขาได้ชื่อว่าเป็นนักสืบอัจฉริยะ ที่ไม่เคยคลี่คลายคดีไม่ได้

แอลตรวจสอบจากรูปแบบการฆ่าจนรู้ว่าฆาตกรอยู่ที่ญี่ปุ่น เป็นเด็กมัธยม และเป็นคนใกล้ชิดกับตำรวจ เขาจึงส่งเอฟบีไอมาสืบเรื่องนี้อย่างลับๆ แต่เรื่องกลับกลายเป็นว่าเอฟบีไอ ที่ถูกส่งเข้ามาทุกคนกลับถูกฆ่าตาย

การตายของเอฟบีไอ ทำให้แอลสงสัยไลท์ จนถึงขนาดติดกล้องสอดแนมจำนวน 67 ตัว ไว้ในห้องนอนไลท์ เพื่อสอดแนมพฤติกรรม แต่กล้องสอดแนมจำนวน 67 ตัวก็ยังคงทำอะไรไลท์ไม่ได้ เมื่อเขายังคงสร้างรูปแบบฆาตกรรมให้ดำเนินต่อไปได้ แม้จะถูกจับตามองอย่างใกล้ชิด

แอลท้าทายไลท์ หลายอย่าง แต่ทุกครั้งก็ไม่เคยต้อนให้ไลท์จนมุมได้ จนกระทั่งเกิดคดีชิโอริขึ้น อาคิโนะ ชิโอริ (ยู คาชิอิ) คือแฟนของไลท์ ที่ถูก นาโอมิ (อาซาโกะ เซโตะ) คู่หมั้นของเอฟบีไอที่ติดตามไลท์จับไป เพื่อบีบคั้นให้ไลท์ยอมรับว่าแท้จริงแล้วไลท์ก็คือคิระ แอลติดตามคดีนี้อย่างใกล้ชิด เพราะสัญชาตญาณบางอย่างบอกเขาว่าไลท์คือฆาตกร