ญี่ปุ่นผลิตผลงานวิจัยลดลงในทศวรรษที่ผ่านมา แต่ผลงานยังคงถูกนำไปอ้างอิงเป็นจำนวนมาก

ผลงานวิจัยด้านวิทยาการคอมพิวเตอร์ ชีวโมเลกุล และภูมิคุ้มกันวิทยา ปรับตัวลดลงมากที่สุด แต่ยังคงมีผลงานวิจัยระดับท็อปและนักวิจัยชั้นแนวหน้าของโลกในหลายสาขา ผลการวิเคราะห์ข้อมูลจาก Clarivate Analytics Web of Science ซึ่งได้จากการสำรวจประสิทธิภาพงานวิจัยของญี่ปุ่นในช่วงทศวรรษที่ผ่านมา พบว่า ญี่ปุ่นมีผลงานวิจัยทางวิทยาศาสตร์ลดลงอย่างเห็นได้ชัด และตามไม่ทันชาติอื่นๆ ผลการค้นพบดังกล่าวปรากฏอยู่ใน  Nature Index ซึ่งศึกษาผลกระทบจากการที่ญี่ปุ่นมีผลงานวิจัยลดลง พร้อมอภิปรายถึงมาตรการต่างๆที่ผู้กำหนดนโยบายภาครัฐและกลุ่มนายทุนกำลังดำเนินการอยู่ในขณะนี้ เพื่อสวนกระแสขาลงดังกล่าว

ในปี 2558 นักวิจัยญี่ปุ่นตีพิมพ์ผลงานวิจัยลดลงประมาณ 600 ฉบับเมื่อเทียบกับปี 2548 ในวารสารที่มีอิทธิพลระดับโลกซึ่งถูกผนวกเข้าดัชนีของ Web of Science ถึงแม้ว่าจะลดลงไม่ถึง 1% แต่สัดส่วนผลงานวิจัยของญี่ปุ่นเมื่อเทียบกับทั้งโลกปรับตัวลดลงจากเดิม 8.4% เหลือเพียง 5.2% ขณะที่ยอดการตีพิมพ์ผลงานวิจัยจากจีนและเกาหลีใต้ปรับตัวเพิ่มขึ้นอย่างต่อเนื่องในอัตราที่สูงกว่าหลายประเทศที่มีฐานความรู้ทางวิทยาศาสตร์เติบโตเต็มที่แล้ว ทั้งนี้ คาดว่าสัดส่วนผลงานวิจัยจากสหรัฐอเมริกา สหราชอาณาจักร เยอรมนี และญี่ปุ่น จะปรับตัวลดลงอีก เนื่องจากถูกแทนที่ด้วยผลงานจากประเทศอื่นๆ

เดวิด เพนเดิลบิวรี นักวิเคราะห์ข้อมูลอ้างอิงระดับอาวุโสของ  Clarivate Analytics กล่าวว่า "ประเทศญี่ปุ่นเป็นกรณีพิเศษ เพราะผลงานวิจัยไม่เพิ่มขึ้นในหลายสาขา โดยมี 11 สาขาที่มียอดตีพิมพ์ผลงานวิจัยลดลงในปี 2558 เมื่อเทียบกับปี 2548 อย่างสาขาวัสดุศาสตร์และวิศวกรรมศาสตร์ ซึ่งเป็นสาขาที่ญี่ปุ่นมีความเชี่ยวชาญมาตั้งแต่อดีต ก็มียอดตีพิมพ์ลดลงกว่า 10% ส่วนสาขาที่มีผลงานวิจัยลดลงมากที่สุดคือชีวเคมีและชีวโมเลกุล วิทยาการคอมพิวเตอร์ และภูมิคุ้มกันวิทยา ทั้งที่เป็นสาขาที่ญี่ปุ่นมีการวิจัยอย่างจริงจัง" ทั้งนี้ ดาราศาสตร์เป็นสาขาเดียวที่ญี่ปุ่นมียอดตีพิมพ์ผลงานสูงกว่าค่าเฉลี่ย

อย่างไรก็ดี คุณเพนเดิลบิวรี เปิดเผยว่า ญี่ปุ่นยังคงมีนักวิทยาศาสตร์ระดับโลกอยู่มากมาย และยังเป็นผู้นำในหลายสาขา โดยกล่าวว่า "กิจกรรมการวิจัยยังคงมีอะไรให้ค้นพบอีกมากมายตลอดเวลา คล้ายกับการปอกหัวหอมที่จะพบกลีบหัวหอมซ้อนกันเป็นชั้นๆ ไปเรื่อยๆ"